Basics of NGS sequencing data analysis_specialist 5602-DS-ENG-NGS
The main aim of the study is to help PhD students to prepare their own individual research plan. An individual plan includes outline of PhD dissertation, research aims, work plan, methods and disseminating the results.
During the meetings:
1. The knowledge concerning proper methodology of the experimental work will be transferred.
2. PhD students will be assisted in formulating and testing a research hypothesis.
3. PhD students will acquire skills and knowledge related to the tools used for preparation thesis, manuscripts (databases: Ensembl, NCBI, Web of Science; Google Scholar; EndNote).
4. Presenting information about scholarship opportunities and methods of financing research projects, conferences, scientific collaborations both domestic (Foundation for Polish Science, National Science Centre Poland, Adam Mickiewicz University, Poznań – “Initiative of Excellence – Research University" (ID-UB)) and foreign (Marie Curie scholarships, RSE - The International Bilateral Visits Program).
5. Providing information on how to prepare a publication for printing.
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
W stopniu zaawansowanym metodologię badań właściwą dla dyscypliny nauki, w której odbywa się kształcenie, co pozwala na właściwy dobór teorii i narzędzi badawczych oraz efektywne ich zastosowanie i modyfikację w ramach własnych badań;
P8S_WG.2
Wykorzystywać wiedzę z różnych dyscyplin nauki do twórczego identyfikowania, formułowania i nowatorskiego rozwiązywania złożonych problemów badawczych lub wykonywania zaawansowanych zadań o charakterze badawczym. W szczególności potrafi: definiować cele i przedmiot badań naukowych, formułować hipotezy badawcze, rozwijać metody, techniki i narzędzia badawcze oraz twórczo i efektywnie je stosować, wyciągać wnioski na podstawie wyników badań naukowych;
P8S_UW.1
Efektywnie pozyskiwać informacje związane z działalnością naukową, z różnych źródeł, również w językach obcych oraz dokonywać właściwej selekcji, krytycznej analizy oraz interpretacji tych informacji; ponadto potrafi dokonać oceny ich znaczenia dla rozwoju nauki;
P8S_UW.2
Kryteria oceniania
Presentation of the student’s Research plan (draft, part)
Literatura
1. Droplet Digital PCR applications guide (Bio-Rad) - https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_6407.pdf
2. Erren, T.C., Cullen, P., Erren, M., and Bourne, P.E. (2007). Ten simple rules for doing your best research, according to Hamming. PLoS Comput Biol 3(10), 1839-1840. doi: 10.1371/journal.pcbi.0030213.
3. Hawkins, D.M. (2005). Biomeasurement. Oxford University Press.
4. Laake, P., Benestad, H.B., and Olsen, B.R. (2007). Research methodology in the medical and biological sciences. Academic Press.
5. Reed, R., Holmes, D., Weyers, J., and Jones, A. (2003). Practical skills in biomolecular sciences. 2nd ed. Pearson education.
6. Udvardi, M.K., Czechowski, T., and Scheible, W.R. (2008). Eleven golden rules of quantitative RT-PCR. Plant Cell 20(7), 1736-1737. doi: 10.1105/tpc.108.061143.
7. Wang, X. (2016). Next-generation sequencing data analysis. CRC Press.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: